Najstarsza wzmianka o istnieniu w tej miejscowości kościoła pochodzi z połowy 1319 r. Nie wiadomo jednak, kiedy zorganizowano tu pierwszą parafię, którą przypuszczalnie wydzielono z grodowej parafii pobliskiego Radzynia, gdzie od 1234 r. znajdował się zamek krzyżacki.
Z informacji źródłowych wynika, że parafia rywałdzka istniała już w XIV wieku, chociaż zachowały się dokumenty potwierdzające ten fakt dopiero z początków XV w. Księgi czynszowe z 1412 r. wymieniają mianowicie 4 włóki ziemi plebańskiej należącej do Rywałdu, a księga szkód z 1414 r. notuje 12 ornatów, 4 księgi i 4 dzwony. W 1445 r. oficjał biskupi Wawrzyniec w opracowanym przez siebie projekcie wizytacyjnym diecezji chełmińskiej wymienia parafię rywałdzką wśród 97 innych.
W niedługim czasie po wybudowaniu świątyni, w której umieszczono cudowną figurę Matki Bożej, ziemia pomorska stała się terenem licznych wojen prowadzonych między Polską a Krzyżakami o Pomorze Wschodnie. W 1454 r. król Kazimierz Jagiellończyk wcielając Prusy do państwa polskiego, wypowiedział wojnę zakonowi krzyżackiemu znaną w historii pod nazwą wojny trzynastoletniej (1454-1466). Podczas tej prowadzonej ze zmiennym szczęściem batalii zniszczeniu uległ również kościół w Rywałdzie. Nie wiemy jednak, gdzie umieszczono wówczas cudowną figurę Matki Bożej.
Do końca XVI wieku nie zachowały się żadne dokumenty dotyczące Rywałdu, który po przyłączeniu Pomorza do Rzeczpospolitej Jagiellońskiej należał do starostwa w Radzyniu woj. chełmińskiego. Około 1590 r. wybudowano w Rywałdzie Królewskim nowy kościół (drugi z kolei) z „drzewa zrębowego”, w którym umieszczono rzeźbę Matki Bożej. Panująca na terenie Pomorza reformacja, zwalczająca zwłaszcza wszelkie objawy starodawnego kultu cudownych obrazów i figur, nie sprzyjała rozwojowi kultu Cudownej Madonny. Wiadomo wszakże, że kościół rywałdzki nie został zamieniony na zbór protestancki, jak to praktykowano w innych miejscowościach pomorskich. Fakt ten dowodzi pośrednio, że ówcześni właściciele Rywałdu, którymi byli kolejni starostowie radzyńscy byli katolikami.
Ze skąpych wiadomości źródłowych wiadomo, że świątynia w Rywałdzie została znacznie zniszczona podczas dwóch wojen szwedzkich (w 1626-1629 i 1655-1660). Pomimo zniszczeń materialnych i postępującej dezorganizacji życia religijnego parafii rywałdzkiej, kult Matki Bożej rozwijał się. Świadczą o tym, niektóre wota z XVII w. istniejące do dnia dzisiejszego oraz szczęśliwie zachowane od zniszczeń opisy cudów.
Najważniejszym świadectwem wskazującym na żywotność kultu maryjnego w Rywałdzie jest sprawozdanie z wizytacji kanonicznej przeprowadzonej w 1667 r. przez ks. Jana Strzesza w imieniu biskupa chełmińskiego Olszowskiego. Wizytator opisuje cudowne wskrzeszenie zmarłego chłopca, które miało miejsce tuż przed wizytacją. Zrozpaczeni rodzice uduszonego w okolicach Rywałdu chłopca przez kilka dni zwlekali z pogrzebem, a następnie ze zmarłym synem udali się z pielgrzymką do Matki Bożej Rywałdzkiej, której cudowna figura znajdowała się w kościele parafialnym w Radzyniu. Przed obliczem łaskami słynącej Madonny chłopiec ożył, a świadkami tego uzdrowienia był proboszcz radzyński, ks. Łukasz Pilczcwski, który opisał to wydarzenie w księdze cudów, a potwierdził to zdarzenie wizytator w uwiarygodnionym protokole.
W 1693 r. biskup chełmiński Kazimierz Jan Opaleński (1681-1693) przyłączył parafię w Rywałdzie Królewskim do pobliskiego Bursztynowa. Na miejscu zniszczonej przez pożogi wojenne świątyni rywałdzkiej zbudowano nowy kościół (trzeci z kolei). Fundatorem powstałej w latach 1685-1698 budowli był kasztelan chełmiński Sebastian Czapski, ówczesny właściciel Rywałdu. Konsekracji dokonał w 1689 r. sufragan chełmiński biskup Tomasz Skotnicki. Zgodnie z obyczajem epoki nowa świątynia otrzymała wezwanie św. Sebastiana dla upamiętnienia imienia fundatora, które zastąpiło tytuł poprzedni, to jest Narodzenia NMP. Według zapisu kronikarskiego nowy kościół tworzył sześciobok z drzewa z 10 większymi i 6 mniejszymi oknami. Cudowna figura ponownie wróciła na miejsce.
Widocznie niedawno zbudowany kościół drewniany w Rywałdzie Królewskim okazał się niewystarczający dla potrzeb potęgującego się od początków XVIII w. kultu cudownej figury, skoro sukcesor fundatora, Piotr Czapski, kasztelan chełmiński w latach 1709-1717 , rozpoczął w 1710 r. budowę nowej świątyni murowanej w stylu romańsko – barokowym. Ta czwarta z kolei budowla sakralna w Rywałdzie Królewskim, ukończona w 1738 r. przez następców fundatora, przerabiana w latach późniejszych w niektórych szczegółach architektonicznych i wyposażana szeregiem różnorodnych przedmiotów, przetrwała do dziś. 8 lutego 1748 r. biskup Leski przekazał kapucynom świeżo wybudowany, choć jeszcze w pełni nieskończony, kościół murowany z cudowną figurą Matki Bożej.
Klasztor w Rywałdzie Królewskim – od fundacji do kasaty w 1824 r.
Również budowa klasztoru rozpoczęta w 1756 r. według projektu architekta warszawskiego Jana Hildebrandra, której patronował Tomasz Czapski, syn zmarłej w 1757 r. fundatorki, trwała kilkanaście lat. Ostatecznie całość zabudowań klasztornych i przyległego do niej kościoła była gotowa w 1779 r. Tegoż roku koadiutor biskupa chełmińskiego Karol Hohenzollern dokonał 7 października konsekracji świątyni, która otrzymała tytuł Narodzenia NMP i św. Sebastiana. W 1766 r. placówka w Rywałdzie uzyskała status pełnoprawnego klasztoru, a dawnego przełożonego hospicjum zastąpił gwardian.
Po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 r. Rywałd Królewski włączony został do zaboru pruskiego. Surowe przepisy zaborcy dotyczące duchowieństwa zakonnego odłączyły kapucynów od macierzystej prowincji. Zakonników w Rywałdzie obowiązywał od 1774 r. zakaz wyjazdu poza granice Prus – także prowincjał nie mógł wizytować klasztoru bez specjalnego zezwolenia. Obsadę domu zakonnego można było zmieniać lub uzupełniać tylko w porozumieniu z władzami rządowymi. Mimo zmienionych warunków politycznych nie ustawały pielgrzymki do Pani Rywałdzkiej. Na doroczne odpusty przybywało po kilka tysięcy pątników. W liście gwardiana klasztoru br. Kajetana do komisarza generalnego kapucynów wysłanym z Rywałdu 25 sierpnia 1778 r. czytamy, że pielgrzymi, wśród których nie brakowało szlachty, obchodzili na klęczkach obraz ze statuą cudownej Madonny i składali na utrzymanie sanktuarium hojne dary.
Po drugim rozbiorze Polski w 1793 r. absolutystyczne zarządzenia zaborcy bardzo ograniczyły swobodę praktyk religijnych klasztoru rywałdzkiego. Rozchodziły się nawet pogłoski, że „nie przydatne” dla społeczeństwa zakony, tzn. takie, które nie prowadzą szkolnictwa, zostaną na terenie Prus zlikwidowane. Wprawdzie ta groźba z różnych powodów została koniunkturalnie przesunięta w czasie to jednak w 2 lata później po ostatecznym wykreśleniu Polski z mapy Europy w wyniki trzeciego rozbioru (1795 r.) władze pruskie przystąpiły do systematycznej choć rozłożonej w czasie akcji antykatolickiej i antypolskiej. Wstępem do dekretu kasacyjnego, który ukazał się w 1810 r. była uchwała deputacji państwowej (Reichsdeputation) z 25 lutego 1803 r. dotycząca przejęcia przez zaborcę wszelkich instytucji kościelnych i przeznaczenia ich na określone przez władze cele religijne, bądź na zakłady użyteczności publicznej. Planowane akcje dyskryminacyjne złagodziła na pewien czas wojna Napoleona z Prusami i Rosją, której wynikiem było powstanie Księstwa Warszawskiego (1807-1815). Rywałd Królewski, podobnie jak cztery inne klasztory kapucyńskie Prowincji Polskiej (Warszawa, Łomża, Zakroczym, Nowe Miasto nad Pilicą), znalazł się na obszarze Księstwa. Działania wojenne spowodowały znaczne zniszczenia i zubożenie materialne miejscowej ludności. Klasztor rywałdzki na przednówku żywił ubogich, a gdy i zakonnikom zabrakło pożywienia, gwardian Apolinary Nowicki musiał prosić ziemianina Karwata o cztery korce żyta, za które oddał wanienkę „koprową” (miedzianą), a za drobną ilość soli zapłacił „rynwą” (rynienką). Tenże br. Apolinary 18 maja 1808 r. stwierdził rabunek srebrnych worów i innych kosztowności z sanktuarium rywałdzkiego.
Przeszkody zewnętrzne nie wpłynęły wszakże hamująco na żywotność kultu Bogurodzicy Rywałdzkiej. Mimo malej liczby kapłanów kapucyńskich do Rywałdu przybywały pielgrzymki, zaś ich ilość w czasie tradycyjnych odpustów była znaczna. Przebywający tu na uroczystości maryjnej w 1811 r. kaznodzieja z Zakroczymia zapisał w kronice tegoż klasztoru, że był wielki konkurs ludu. W 1813 r. odnotowano bardzo wiele spowiedzi. W tym też czasie zorganizowano w klasztorze rywałdzkim szkółkę dla chłopców, a inicjatywa ta, pozostająca zresztą w kolizji z przepisami zakonu, zmierzała do wykazania władzom zaborczym społecznej przydatności klasztoru w nowej sytuacji politycznej. Przejściowy okres względnych swobód religijnych definitywnie zamknął kongres wiedeński 1815 r., w wyniku którego ziemia michałowsko-chełmińska znalazła się ponownie w administracji zaboru pruskiego. Rywałd włączono do powiatu grudziądzkiego Prus Zachodnich. Wydany 30 października 1810 r. w Prusach Wschodnich edykt postanawiający kasatę zakonów zaczęto realizować w obrębie diecezji chełmińskiej. W 1882 r. w Rywałdzie było już tylko trzech kapucynów. Kasata klasztoru rywałdzkiego została postanowiona zarządzeniem gabinetowym z 5 marca 1823 r. Gwardian br. Rafał dowiedział się niebawem u władz diecezjalnych, że w klasztorze ma być zorganizowany dom pokutny dla księży diecezjalnych.
4 lipca 1824 r. nowy biskup chełmiński JWS Mathy zaproponował temuż br. Rafałowi sekularyzację, a po odmowie pozwolono mu zabrać dwie bryczki i cztery konie, niektóre ruchomości i manuskrypta. 13 października roku następnego dwaj ostatni kapucyni opuścili Rywałd Królewski udając się do Zakroczymia na dwóch bryczkach. Taki był finał blisko stuletniej obecności franciszkańskich stróżów cudownej Madonny Rywałdzkiej.
(fot. klasztor w Zakroczymiu)
Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r.
Po odzyskaniu niepodległości Polski w 1918 r. znacznie ożywił się kult Madonny Rywałdzkiej. Organizatorem życia religijnego w polskim już Rywałdzie był ks. Cyryl Metody Karczyński, pełniący od 1921 r. funkcję dziekana dekanatu radzyńskiego. Niebawem tradycyjne odpusty w Rywałdzie na święto Nawiedzenia i Narodzenia NMP przyciągały coraz większe rzesze pielgrzymów, a posługi duszpasterskie sprawowało kilkudziesięciu księży diecezjalnych. Informacje o odpustach były ogłaszane w wojewódzkim dzienniku „Głos Pomorza”, co świadczy o sporej popularności sanktuarium na tym terenie.
W okresie międzywojennym szczególną cześć dla cudownej figury Matki Bożej w Rywałdzie okazywali Cyganie, którzy przybywali tu ze swoimi wędrownymi taborami i licznymi rodzinami.
Miejscowa tradycja wiąże to z następującym wydarzeniem. Około 1930 r. pewna Cyganka doznała łaski cudownego uzdrowienia przed figurą Rywałdzkiej Madonny. Z wdzięczności obcięła swój kruczowłosy warkocz i złożyła w ofierze na ołtarzu. Według powojennych relacji warkocz przez dłuższy czas wisiał obok przykościelnej studni i w czasie okupacji hitlerowskiej zaginął. Ponieważ na głowę cudownej figury założono od niepamiętnych czasów perukę z czarnych włosów, rozchodziła się w pewnych kręgach pątników legenda o rzekomym odrastaniu włosów z peruki. Wśród tytułów, jakimi tradycyjnie opatrywano łaskami słynącą stanie, pojawił się nowy: Matka Boża Cygańska.
Szczególnie utrwaliła się w pamięci duchowieństwa i wiernych pielgrzymka Cyganów, którzy przybyli w roku 1949 do Rywałdu ze swym królem Kwiekiem dla podziękowania za szczęśliwe ich uwolnienie od zagłady w obozach koncentracyjnych. Obchodzili wówczas na klęczkach świątynię śpiewając w języku cygańskim pieśni religijne. Matce Bożej Cygańskiej ofiarowali też złote serce wykonane z niemieckiej 20-markówki, uzasadniając ten czyn tym, że ocaleli tylko ci Cyganie, którzy podczas wojny polecili swe życie Madonnie Rywałdzkiej.
Lata pożogi wojennej (1939-1945)
W ponurych latach okupacji hitlerowskiej budynek poklasztorny Niemcy zaadaptowali na szpital wojskowy, dokonując tu licznych przeróbek i zmian konstrukcyjnych łącznie z założeniem kanalizacji. Uciekając z Rywałdu zagarnęli ze sobą cenniejsze przedmioty kultu religijnego, złote korony z figury Matki Bożej i srebrne wota. Ubytek koron uzupełnił wyrobami ze szlachetnej stali powojenny proboszcz rywałdzki ks. Alfons Tęgowski. Uporządkował także budynki klasztorne i gospodarcze, odnowił organy, założył nowy cmentarz grzebalny, a na Starym cmentarzu przykościelnym zbudował grotę Matki Bożej z Lourdes.
Powrót Braci Mniejszych Kapucynów w 1947 r.
W ślad za decyzjami władz kościelnych i zakonnych przybył do Rywałdu 13 stycznia 1947 r. pierwszy po 120 latach kapucyn. Był nim br. Klemens Kulesza, mianowany również administratorem parafii w Bursztynowie. Do ocalałej z wojennej pożogi świątyni zaczęli przybywać systematycznie i w coraz większej ilości czciciele Matki Bożej Rywałdzkiej, odnawiając zahamowane przez okupanta pielgrzymki odpustowe. Do obsługi wzmożonego napływu wiernych podczas tradycyjnych uroczystości maryjnych spieszyli z pomocą współbracia kapucyńscy z Prowincji oraz okoliczni księża diecezjalni.
Po regotyzacji cudownej figury przeprowadzono gruntowną renowację świątyni. Informuje o rym lapidarny napis umieszczony za ołtarzem o treści następującej: „Staraniem proboszcza ojca Fidelisa Bonusa kościół całkowicie odnowił w roku 1968 artysta malarz Teodor Nowak według istniejącej polichromii z roku 1894. Konstruktor rusztowań brat Władysław Truszkowski”.
W latach 1970-1972 wykonano według projektu inż. Haliny Matysiewicz nową posadzkę z kilkukolorowych płyt marmurowych, w tym samym czasie zostały zrobione przez mistrza stolarskiego Antkowiaka z Jabłonowa Pomorskiego ławki kościelne.
Dzień dzisiejszy Sanktuarium.
Kustosze Sanktuarium rywałdzkiego – Bracia Mniejsi Kapucyni – duchowi synowie św. Franciszka z Asyżu – sprawują swą posługę wobec pielgrzymów przybywających do Królowej Ziemi Pomorskiej w duchu franciszkańskim.
W tej chwili w klasztorze mieszka i pracuje pięciu braci, w tym trzech kapłanów. Gwardianem, Proboszczem i Kustoszem Sanktuarium jest br. Mirosław Jankowski.
Liczne grupy zwykle nawiedzają to Sanktuarium „po drodze” do innych miejsc – do Torunia, do Lichenia, do Częstochowy. Nie brak takich, które podążają szlakiem Sługi Bożego Prymasa Tysiąclecia. Jest też pewna liczba pielgrzymek mających za cel właśnie Rywałd Królewski.
Wszystkim Pątnikom bracia stwarzają okazję do modlitwy w zaciszu rywałdzkiej świątyni przed obliczem Matki Bożej jak również – o ile jest możliwe – nawiedzenie celi Prymasa Tysiąclecia.
Na zewnątrz przed kościołem – wspólnoty AA ustawiły Drogę Krzyżową a ostatnio został również ustawiony pomnik ku czci Prymasa Tysiąclecia.
W 2008 r. wzniesiono Kaplicę Romów – drewniane figury przedstawiające MB Rywałdzką oraz bł. Zefiryna Gimeneza Mallę, Męczennika Cygana z Hiszpanii, zamęczonego w 1936 r., beatyfikowanego przez papieża Jana Pawła II.
Można także nabyć pamiątki religijne w sklepiku wewnątrz klasztoru przy furcie klasztornej.